A diferencia del reactor UASB convencional el cual cuenta con un separador trifásico incorporado en la parte superior del reactor que desvía el biogás y retiene los sólidos, en el reactor ANUBIX™ – CES la separación de los lodos se realiza externamente en un tipo especial de separador lamelar, el GWE SUPERSEP ™ – CF. El efluente del separador de lodo fluye por gravedad a cualquier tratamiento posterior que pueda ser necesario.