Cada sistema de tratamiento biológico requiere de una cierta cantidad de microorganismos activos para la inoculación del sistema anaerobio al comienzo de su operación o para restaurar la población microbiológica después de un trastorno del sistema.
Algunas tecnologías, como las tecnologías anaerobias que utilizan lodo granular, requieren formas especializadas de biomasa para funcionar correctamente. A menudo este material es difícil de encontrar debido a la gran demanda y puede retrasar la puesta en marcha o el re-arranque del proceso.
Cuando no hay disponibilidad localmente, puede ser costoso transportarlo desde el lugar de origen. En algunos casos, se necesita un gran volumen de biomasa, y cantidades suficientes simplemente no se encuentran disponibles en lugares específicos.